1978年，经过粉碎“四人帮”后一年多的拨乱反正，医疗、教育等工作开始走入正轨。在这样的历史背景下，根据北京市科学技术协会和北京市卫生局的指示，北京中医学会于1978年4月恢复活动，主要任务是恢复理事会工作。

经过3个月的积极筹备，“文化大革命”结束后的第一次理事扩大会议于7月19日隆重召开。会议传达了1978年4月29日“关于恢复四个学会”文件的精神，确定了由40人组成的北京中医学会第五届理事会，并决定由卫生局中医处处长李建和原第五届理事会副秘书长陈彤云主抓学会重建工作。另外，会上成立了7个专业委员会：基础理论专业委员会、妇科专业委员会、针灸专业委员会、骨按科专业委员会、儿科专业委员会、内科专业委员会、外皮五官科委员会。

1978年下半年，学会的主要任务是大力开展中医学术活动。1979年，学会的中心工作之一是协助卫生部中医司筹备成立“中华全国中医学会”。5月，中华全国中医学会在北京成立，同时召开中华全国中医学会第一次会员代表大会。北京中医学会有23代表参加了大会，分别当选为中华全国中医学会常务理事、理事或针灸委员会的委员。

1979年5月召开了北京中医学会第二次学术年会。会议经过5个月的筹备，由关幼波副会长主持。会议主题是交流中医、中西医结合在理论、临床、科研、教学等方面所取得成绩。

中华全国中医学会成立后，北京中医学会也称“中华全国中医学会北京分会”，成为中华全国中医学会的地方分会之一。