1955年，北京中医学会召开第二次会员代表大会，推选于道济为北京中医学会第四届主席。

1955年至1959年间，北京中医学会在不同季节，邀请各医院临床经验丰富名老中医作有关多发病的学术报告共25 次。特别在1959年年底举办了跃进学术报告月，除学会委员们踊跃报名承担报告任务外，还聘请了20位老大夫作报告，内容丰富多彩，范围广泛，有内科、外科、儿科、妇科等，共35讲，到会人数计9 000余人。

1958年7月，学会筹办中医系统讲座，目的是更好的加强会员的理论学习，将祖国医学的经典著作全部温习一遍。系统讲述了内经、针灸重点介绍、本草、伤寒、温病、金匮等。先后参加学习的会员共1083人，为扩大学习范围，满足西医同道学习中医，先后有150名左右西医参加了学习。

1959年6月，学会筹办正骨、按摩经验交流会。因为正骨、按摩大夫过去学习的机会很少，虽然手法不一致，但确实各有所长，通过技术交流达到取长补短，共同提高的目的。先后共举办正骨、按摩讲座各17次，讨论17次。这些学术活动的开展对新中国中医学术的恢复和发展起了重要作用。

1956年至1959年，为继承老前辈的宝贵经验，学会先后组织整理了肖龙友、汪逢春、赵树屏、樊干卿等四位名医的医案，根据他们多年来的真实的治疗记录整理成书。

1960年，为继承和发扬名老中医的宝贵临症经验，北京中医学会和市卫协联合举办中医倾谈会，当时出席的有施今墨、宗维新、董德懋、秦伯末、郗佩龄、朱颜、杜自明等十几位名老中医，促膝倾谈临床医疗经验，畅所欲言，各抒己见，学术气氛活跃并进行了录音，北京晚报还进行了报道。

1960年，北京中医学会与北京医学会、北京药学会以及北京卫生工作者协会合并为“北京市医药卫生学会”。北京中医学会成为其属会之一。1961年，北京市医药卫生学会撤消，北京中医学会独立，在业务上仍受北京市科学技术协会和北京市卫生局的双重领导。

1961年，北京中医学会组织中医简易疗法下乡，围绕农村浮肿病、小儿营养不良、闭经，子宫脱垂等疾病，开展简易捏积、耳针、单方等，组织会员深入农村进行短期训练和推广。这些学术活动的开展对新中国中医学术的恢复和发展起了重要作用。

1962年2月19日，北京中医学会召开第三次会员代表大会筹委会，推选宗维新为第五届理事会理事长，董德懋、赵炳南、朱颜、为副理事长，郗佩龄兼秘书长，陈彤云为副秘书长。

1966年，“文化大革命”开始。1968年6月，中国人民解放军卫生部军事管制委员会成立，此后北京中医学会被停止一切活动。